Neseniai atradau kai ką nuostabaus!Daugelis jį supančių pažengusių eksperimentų specialistų net nežino kai kurių labai pagrindinių eksperimentinių žinių taškų.

Pavyzdžiui, ar galite atsakyti į šiuos klausimus?

Ar yra skirtumas tarp OD260 ir A260?Ką reiškia kiekvienas?
OD yra optinio tankio (optinio tankio) santrumpa, A yra absorbcijos (absorbcijos) santrumpa, dvi sąvokos iš tikrųjų yra tos pačios, „optinis tankis“ yra „absorbcija“, tačiau „optinis tankis“ atitinka daugumą nacionalinių standartų ir labiau standartizuotas.

Paprastai mes matuojame OD vertę esant 260 nm, kad apskaičiuotume nukleino rūgšties koncentraciją, taigi ką reiškia 1OD?
Nukleino rūgštis turi didžiausią absorbcijos smailę esant 260 nm bangos ilgiui, kurioje yra ir DNR, ir RNR, taip pat suskaidytų nukleorūgščių fragmentai (tai yra pagrindinis dalykas).
OD vertė, išmatuota esant 260 nm bangos ilgiui, buvo užregistruota kaip OD260.Jei mėginys yra grynas, OD260 vertė gali apskaičiuoti nukleino rūgšties mėginio koncentraciją.
1 OD260 = 50 μg/ml dsDNR (dvigrandė DNR)
=37 μg/ml ssDNR (vienos grandinės DNR)
=40 μg/ml RNR
=30 μg/ml dNTP (oligonukleotidai)
Ar yra koks nors ryšys ir skirtumas tarp RT-PCR, Realtime-PCR ir QPCR?
RT-PCR yra atvirkštinės transkripcijos PCR trumpinys
Realiojo laiko PCR = qPCR, kiekybinio realiojo laiko PCR trumpinys
Nors atrodo, kad realiojo laiko PGR (realaus laiko fluorescencinė kiekybinė PGR) ir atvirkštinės transkripcijos PGR (atvirkštinės transkripcijos PGR) yra sutrumpinti kaip RT-PGR.Tačiau tarptautinė konvencija yra tokia: RT-PGR konkrečiai reiškia atvirkštinės transkripcijos PGR.

Kokie yra dažniausiai naudojami nt, bp ir kb DNR/RNR ilgiui apibūdinti biologijoje?
nt = nukleotidas
bp = bazinė pora bazinė pora
kb = kilobazė

Žinoma, sakytum, kad daugeliui šios smulkmenos nerūpi!Visi tai daro, ir niekas jūsų nepaklaus, kas tai yra.Jūs žinote, kad tai nereikalinga, tiesa?

Ne, ne, ne, tai labai būtina žinoti!del ko?
Nes norite paskelbti straipsnį!Brolis!Nesvarbu, ar siekiate baigti studijas, ar siekiate mokslinių tyrimų pasiekimų, kalbėdami turite pasikliauti straipsniais!

Nukleino rūgšties ekstrahavimas turėtų būti paprasčiausias ir elementariausias eksperimentas.Nukleino rūgščių ekstrahavimo kokybė tiesiogiai lemia vėlesnių eksperimentų rezultatus.

Nors esu tai sakęs ne kartą, vis dar yra daug draugų, kuriems tai nerūpi.Šį kartą nusprendžiau pasitraukti iš straipsnio!

Minimali informacija, skirta publikuoti kiekybinius realiojo laiko PGR eksperimentus, vadinamus MIQE, yra tarptautiniu mastu pradėtas naudoti fluorescencijos kiekybinių eksperimentų gairių rinkinys, kuriame siūlomi minimalūs eksperimentinės informacijos standartai, būtini vertinant fluorescencijos kiekybinius PGR eksperimentus ir publikuojant straipsnius.Eksperimento vykdytojo pateiktomis eksperimentinėmis sąlygomis ir analizės metodais recenzentai gali geriau įvertinti tyrėjo eksperimentinės schemos pagrįstumą.

Matyti, kad nukleorūgščių ekstrahavimo skyriuje buvo pasiūlyti šie aptikimo elementai:

„E“ nurodo informaciją, kurią reikia pateikti, o „D“ – informaciją, kurią reikia pateikti, jei reikia.

Forma labai sudėtinga, tiesą sakant, noriu pasakyti, kad kiekvienas turi pradėti nuo

grynumas (D), išeiga (D), vientisumas (E) ir konsistencija (E), kad būtų galima įvertinti nukleino rūgštis šiais keturiais aspektais.

Pagal eksperimentavimo įpročius pirmiausia pakalbėkite apie grynumo ir koncentracijos vertinimo metodus.

OD matavimas yra mėgstamiausias ir lengviausias eksperimentuotojų aptikimo metodas.Kalbant apie principą, aš čia nesileisiu.Daugelis laboratorijų dabar naudoja ultra-mikro spektrofotometrus, kad galėtų tiesiogiai kiekybiškai analizuoti nukleorūgščių mėginius.Rodydamas absorbcijos vertę, programa tiesiogiai pateikia koncentracijos vertę (nukleorūgštį, baltymą ir fluorescencinį dažiklį) ir susijusius santykius.Kalbant apie OD vertės analizę, išsaugokite šią nuotrauką ir viskas bus gerai.

Universalus OD vertės sprendimų sąrašas

Tačiau yra keletas įspėjimų, kuriuos reikia nurodyti atskirai.

(Galų gale aš žinau, kad jūs turite būti tie, kurie taupo ir laukiate, kol jums jų prireiks!)

1 pastaba Įranga

OD vertę paveiks skirtinga įranga.Kol OD260 yra tam tikrame diapazone, OD230 ir OD280 reikšmės yra reikšmingos.Pavyzdžiui, įprasto Eppendorf D30 absorbcijos diapazonas esant 260 nm yra 0–3 A, o „NanoDrop One of Thermo“ – prie 260 nm.Sugerties diapazonas yra 0,5–62,5 A.

Užrašas 2Skiedimo reagentas

OD vertę gali paveikti skirtingų reagentų skiedimas.Pavyzdžiui, išgrynintos RNR OD260/280 rodmuo pagal pH7,5 10 mM Trisbuferis yra nuo 1,9 iki 2,1neutralus vandeninis tirpalassantykis bus mažesnis, gal tik 1,8-2,0, bet tai nereiškia, kad keičiasi RNR kokybė Skirtumas.

3 pastabaLikutinės medžiagos

Likutinių medžiagų buvimas turės įtakos nukleorūgščių koncentracijos matavimo tikslumui, todėl būtina kiek įmanoma vengti baltymų, fenolių, polisacharidų ir polifenolių likučių nukleorūgščių mėginiuose.

Tačiau iš tikrųjų ekstrahavimas organiniais reagentais yra senas metodas.Komerciniuose rinkiniuose ekstrahavimo efektas gali būti pasiektas naudojant silicio dioksido pagrindu pagamintą adsorbcijos kolonėlę kartu su centrifugavimu, išvengiant toksiškų ir kenksmingų organinių reagentų, kuriuos sunku pašalinti ir pan. Problema, pvz.Foregene nukleorūgščių ekstrahavimo rinkinys, per visą operaciją nenaudoja DNazės/RNazės ir toksiškų organinių reagentų, greitas ir saugus, irefektas yraGerai(netyčia pasakė, kad plikas, bet žinau, kad tu nori žinoti).

1 pavyzdys: Genominės DNR ekstrahavimo išeiga ir grynumas

Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) apdoroja dirvožemio mėginius iš įvairių šaltinių, o gautos genominės DNR kiekis ir grynumas parodytas šioje lentelėje:
2 pavyzdys: Audinio RNR ekstrahavimo išeiga ir grynumas

Gyvūnų bendros RNR izoliacijos rinkinys (RE-03012) apdorojo įvairius audinių mėginius, o gautos RNR kiekis ir grynumas parodytas toliau pateiktoje lentelėje (pelės audiniams):
Tačiau nemanykite, kad baigėte naudoti OD vertę.Ar pasirūpinate pagrindiniais taškais, kuriuos jums nupiešiau priekyje?

Pastebėti

Suskaidytos nukleorūgščių molekulės taip pat bus apskaičiuojamos pagal absorbciją.Darant prielaidą, kad RNR yra genominės DNR likučių, jūsų OD vertė atrodys labai didelė, tačiau tikrosios RNR koncentracijos nustatyti negalima.Nesvarbu, ar jūsų RNR yra Neaišku, ar yra skilimo, todėl mums vis tiek reikia išsamaus vertinimo metodo, kad galėtume pateikti tikslesnį sprendimą, tai yra, MIQE paminėto nukleorūgščių vientisumo įvertinimo.