• Facebook
  • linkedin
  • youtube

SARS-CoV-2 atsiradimas B.1.1.7 Linija

Jungtinės Valstijos, 2020 m. gruodžio 29 d2021 m. sausio 12 d

Summer E. Galloway, PhD 1;Prabasaj Paul, PhD 1;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1;

Johnas T. Brooksas, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrongas, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, mokslų daktaras

2021 m. sausio 15 d. ši ataskaita buvo paskelbta kaip MMWRAnkstyvas leidimas MMWR svetainėje (https://www.cdc.gov/mmwr).

2020 m. gruodžio 14 d. Jungtinė Karalystė pranešėsusirūpinimą keliantis SARS-CoV-2 variantas (LOJ), linija B.1.1.7,taip pat vadinamas LOJ 202012/01 arba 20I/501Y.V1.*Manoma, kad B.1.1.7 variantas atsirado rugsėjį2020 m. ir greitai tapo dominuojančia apyvartaSARS-CoV-2 variantas Anglijoje (1).B.1.1.7 buvoaptikta daugiau nei 30 šalių, įskaitant JAV.Kaip2021 m. sausio 13 d. buvo apytiksliai 76 B.1.1.7 atvejaibuvo aptikta 12 JAV valstijų.Kelios įrodymų eilutėsrodo, kad B.1.1.7 perduodamas efektyviau nei yrakiti SARS-CoV-2 variantai (13).Sumodeliuota trajektorijašis variantas JAV sparčiai auga 2021 m. pradžioje,kovo mėnesį tapęs vyraujančiu variantu.PadidėjęsSARS-CoV-2 perdavimas gali kelti grėsmę įtemptai sveikatos priežiūraireikia ilgesnio ir griežtesnio įgyvendinimovisuomenės sveikatos strategijų (4) ir padidinti procentągyventojų imunitetas, reikalingas pandemijos kontrolei.Paėmimaspriemonės, skirtos sumažinti perdavimo galimybę dabar, gali sumažinti potencialąB.1.1.7 poveikį ir skirkite kritinį laiką vakcinos kiekiui padidintiaprėptį.Bendrai patobulinta genomo priežiūrakartu su nuolatiniu laikymusi veiksmingai visuomeneisveikatos apsaugos priemonės, įskaitant vakcinaciją, fizinį atstumą,kaukių naudojimas, rankų higiena, izoliacija ir karantinas, valiabūtini siekiant apriboti SARS-CoV-2, viruso, plitimąkuris sukelia koronavirusinę ligą 2019 (COVID-19).Strateginisasmenų, kuriems nėra simptomų, bet kuriems yra didesnė rizikainfekcija, pvz., užsikrėtusieji SARS-CoV-2 arba sergantysdažnas neišvengiamas kontaktas su visuomene, suteikia kitągalimybė apriboti vykstantį plitimą.

Pasaulinis genomo stebėjimas ir greitas atvirojo kodo bendrinimasviruso genomo sekų kūrimas palengvino beveik realiu laikubesivystančio SARS-CoV-2 aptikimas, palyginimas ir sekimasvariantai, galintys padėti visuomenės sveikatos pastangoms kontroliuotipandemija.Tuo tarpu kai kurios viruso genomo mutacijosatsiranda ir tada atsitraukia, kiti gali suteikti atrankinį pranašumąpriderinti prie varianto, įskaitant padidintą pralaidumą, kadtoks variantas gali greitai dominuoti kituose cirkuliuojančiuose variantuose.

Pandemijos pradžioje SARS-CoV-2 variantai, turintysD614G mutacija smaigalio (S) baltyme, kuri didėjareceptorių prisijungimo avidumas greitai tapo dominuojančiu daugelyjegeografiniai regionai (5,6).2020 m. rudens pabaigoje kelios šalys pranešė apie aptikimąSARS-CoV-2 variantai, kurie plinta efektyviau.Papildomaiį B.1.1.7 variantą, žymiausi variantai apima B.1.351pirmą kartą aptikta Pietų Afrikoje ir neseniai nustatytaB.1.1.28 subkladas (pervardytasP.1) aptikta keturiems keliautojamsiš Brazilijos per įprastinę peržiūrą Hanedoje (Tokijas)oro uostas.§ Šie variantai turi genetinės mutacijos žvaigždynąjungčių, įskaitant S baltymo receptorius surišančią sritį,kuris yra būtinas prisijungimui prie šeimininko ląstelės angiotenzino.konvertuoja fermento-2 (AKF-2) receptorius, kad palengvintų virusąįrašas.Įrodymai rodo, kad juose aptiktos kitos mutacijosvariantai gali ne tik padidinti perduodamumą, bet irtaip pat gali turėti įtakos tam tikros diagnostikos veikimui realiuoju laikuatvirkštinė transkripcijapolimerazės grandininė reakcija (RT-PGR)tyrimusir sumažinti jautrumą neutralizuojantiems antikūnams(2,3,510).Neseniai paskelbtoje ataskaitoje užfiksuotas pirmasis atvejisSARS-CoV-2 pakartotinė infekcija Brazilijoje SARS-CoV-2 variantukurioje buvo E484K mutacija**, kuri buvo parodytasiekiant sumažinti neutralizavimą sveikstančiais serumais ir monokloniniaisantikūnų (9,10).

Šioje ataskaitoje pagrindinis dėmesys skiriamas B.1.1.7 varianto atsiradimuiJungtinėse Amerikos Valstijose.2021 m. sausio 12 d. neiB.1.351, nei P.1 variantai nebuvo aptiktiJungtinės Valstijos.Norėdami gauti informacijos apie atsirandantį SARS-CoV-2susirūpinimą keliančius variantus, CDC palaiko tinklalapį, skirtąteikiant informaciją apie naujus SARS-CoV-2 variantus.††

 B.1.1.7 linija (20I / 501Y.V1)

B.1.1.7 variantas turi S baltymo mutaciją(N501Y), kuris turi įtakos receptorių surišimo konformacijaidomenas.Šis variantas turi 13 kitų B.1.1.7 liniją apibrėžiančių mutacijų (lentelė), iš kurių kelios yra S baltyme,įskaitant ištrynimą 69 ir 70 pozicijose (del6970), kadspontaniškai išsivystė kituose SARS-CoV-2 variantuose ir yraiškelta hipotezė, kad padidės užkrečiamumas (2,7).Ištrynimas69 ir 70 padėtyse sukelia S-geno taikinio gedimą (SGTF)bent viename RT-PGRpagrįstą diagnostinį tyrimą (ty suThermoFisher Taq Path COVID-19 tyrimas, B.1.1.7 variant ir kiti variantai su del6970 sukuria neigiamąS-geno taikinio rezultatas ir teigiamas kitų dviejų rezultatastaikiniai);SGTF veikė kaip įgaliotinis Jungtinėje KaralystėjeB.1.1.7 atvejams nustatyti (1).Daugybė įrodymų rodo, kad B.1.1.7 yra daugiauefektyviai perduodamas, palyginti su kitais SARS-CoV-2Jungtinėje Karalystėje cirkuliuojančių variantų.JK regionai sudidesnė dalis B.1.1.7 sekų turėjo greitesnę epidemijąaugimą nei kitose srityse, SGTF diagnozių padaugėjogreičiau nei tose pačiose srityse buvo nustatytos ne SGTF diagnozės, ir adidesnė dalis kontaktinių buvo užsikrėtę indekso pacientaissu B.1.1.7 infekcijomis nei indekso pacientų, užsikrėtusiųkiti variantai (1,3).Variantas B.1.1.7 gali padidinti JAV našumądeminė trajektorija ateinančiais mėnesiais.Norėdami iliustruoti šį efektą,buvo sukurtas paprastas, dviejų variantų skyrių modelis.Dabartinis B.1.1.7 paplitimas JAV tarp visų cirkuliuojančiųvirusai nežinomi, bet manoma, kad <0,5% remiantisribotas nustatytų atvejų skaičius ir SGTF duomenys (8).Dėlmodelyje pradinės prielaidos apėmė B.1.1.7 paplitimą0,5% tarp visų infekcijų, SARS-CoV-2 imunitetas nuoankstesnė infekcija 10 proc.30%, laikui bėgant besikeičianti reprodukcinėskaičius (Rt ) iš 1,1 (sumažėjęs, bet didėjantis perdavimas)arba 0,9 (mažėjantis perdavimas) dabartiniams variantams, o pranešama apie 60 atvejų 100 000 žmonių per dieną2021 m. sausio 1 d. Šios prielaidos tiksliai neatspindibet kurioje JAV vietoje, o nurodykite apibendrinimąvisoje šalyje paplitusiomis sąlygomis.R t pokytis baigėsilaikas, atsirandantis dėl įgyto imuniteto ir didėjančio prevabuvo sumodeliuotas B.1.1.7 skersmuo, darant prielaidą, kad B.1.1.7 R tbūti konstanta, 1,5 karto didesnė už dabartinių variantų R t, remiantispradiniai Jungtinės Karalystės skaičiavimai (1,3).Tada buvo modeliuojamas galimas vakcinacijos poveikisdarant prielaidą, kad vienam buvo suleista 1 mlndiena, prasidedanti 2021 m. sausio 1 d., ir tas 95 % imunitetasbuvo pasiektas praėjus 14 dienų po 2 dozių gavimo.Tiksliau,imunitetas nuo infekcijos su esamais variantais arbaBuvo manoma, kad B.1.1.7 variantas, nors efektyvumas irapsaugos nuo infekcijos trukmė lieka neaiški,nes tai nebuvo pagrindinis klinikinių tyrimų tikslaspradinėms vakcinoms.Šiame modelyje B.1.1.7 paplitimas iš pradžių yra mažas, tačiau todėlJis yra labiau perduodamas nei dabartiniai variantaispartus augimas 2021 m. pradžioje, tapdamas vyraujančiu variskruzdė kovo mėnesį (1 pav.).Ar srovės perdavimasvariantų skaičius didėja (pradinis R t = 1,1) arba lėtai mažėja(pradinis Rt = 0,9) sausio mėn., B.1.1.7 lemia esminį pokytįperdavimo trajektorijoje ir nauja eksponentinio fazėaugimas.Su vakcinacija, kuri apsaugo nuo infekcijos,pradžios epidemijos trajektorijos nesikeičia ir B.1.1.7 plintavis dar pasitaiko (2 pav.).Tačiau po to, kai B.1.1.7 tampadominuojantis variantas, jo perdavimas buvo iš esmės sumažintas.Skiepijimo poveikis mažinant užkrėtimą artimoje aplinkojelaikotarpis buvo didžiausias tuo atveju, kai buvo perduotasjau mažėja (pradinis R t = 0,9) (2 pav.).Ankstyvos pastangos, kadgali apriboti B.1.1.7 varianto plitimą, pvz., universalų irlabiau laikytis visuomenės sveikatos mažinimo strategijų,suteiks daugiau laiko nuolatinei vakcinacijai pasiekti didesnįpopuliacijos lygio imunitetas.

Diskusija

Šiuo metu nėra žinomų klinikinių rezultatų skirtumųsusiję su aprašytais SARS-CoV-2 variantais;tačiaudidesnis perdavimo greitis sukels daugiau atvejų, didėjabendras asmenų, kuriems reikalinga klinikinė priežiūra, skaičiussumažinti naštą ir taip įtemptai sveikatos priežiūros sistemai,ir dėl to miršta daugiau.Tęsiamas genomo stebėjimasnustatyti B.1.1.7 atvejus, taip pat kitų atsiradimąsusirūpinimą keliantys variantai Jungtinėse Valstijose, yra svarbūsCovid-19 visuomenės sveikatos atsakas.Tuo tarpu SGTF rezultataigali padėti nustatyti galimus B.1.1.7 atvejus, kuriuos galima patvirtintinustatant seką, nustatant prioritetinius variantus, kurie nerodomiSGTF remiasi tik seka pagrįsta priežiūra.

 

 

 

Varianto žymėjimas

Pirmasis identifikavimas  

Būdingos mutacijos

(baltymas: mutacija)

Dabartinės sekos patvirtintų atvejų skaičius Nr. iš

šalys su

sekos

Vieta Data Jungtinės Valstijos Visame pasaulyje  
B.1.1.7 (20I / 501Y.V1) Jungtinė Karalystė 2020 m. rugsėjo mėn ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15 369 36
B.1.351 (20H / 501Y.V2) pietų Afrika 2020 m. spalio mėn ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S: K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brazilija ir Japonija 2021 m. sausis ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Santrumpos: del = trynimas;E = apvalkalo baltymas;N = nukleokapsidės baltymas;ORF = atviras skaitymo rėmelis;S = smaigalio baltymas.

Patirtis Jungtinėje Karalystėje ir B.1.1.7 modeliuosepateikti šioje ataskaitoje, iliustruojančių poveikį labiau užkrečiamavariantas gali turėti įtakos atvejų skaičiui populiacijoje.Thepadidėjusiam šio varianto perduodamumui reikia dar daugiaugriežtas kombinuotas vakcinacijos ir švelninimo priemonių įgyvendinimaspriemonės (pvz., atstumas, maskavimas ir rankų higiena)kontroliuoti SARS-CoV-2 plitimą.Šios priemonės busveiksmingesni, jei jie įvedami anksčiau nei vėliausulėtinti pradinį B.1.1.7 varianto plitimą.Pastangosparengti sveikatos priežiūros sistemą tolesniems šuolių atvejaisgarantuotas.Padidėjęs pralaidumas taip pat reiškia, kad didesnisturi būti pasiekta daugiau nei numatyta skiepijimo apimtispasiekti tokį patį ligų kontrolės lygį, kad būtų apsaugota visuomenėpalyginti su mažiau perduodamais variantais.Bendradarbiaujant su akademiniais, pramonės, valstybės, teritoriniais,genčių ir vietinių partnerių, CDC ir kitų federalinių agentūrųkoordinuoja ir stiprina genominę priežiūrą irviruso apibūdinimo pastangos Jungtinėse Valstijose.CDCkoordinuoja JAV sekvenavimo pastangas per SARS-CoV-2Neatidėliotinos visuomenės sveikatos reagavimo seka,Epidemiologija ir stebėjimas (SPHERES)§§konsorciumas,kuri apima maždaug 170 dalyvaujančių institucijų ir skatina atvirą dalijimąsi duomenimis, kad būtų lengviau naudotis SARS-CoV-2sekos duomenis.Siekiant sekti SARS-CoV-2 viruso evoliuciją, CDC yraįgyvendinant įvairiapusę genominę priežiūrą, kad suprastumeepidemiologiniai, imunologiniai ir evoliuciniai procesaikurios formuoja virusų filogenijas (filodinamika);vadovas protrūkistyrimai;ir palengvinti aptikimą bei apibūdinimągalimų pakartotinių užsikrėtimų, vakcinų proveržio atvejų iratsirandantys viruso variantai.2020 m. lapkritį buvo įkurta CDCNacionalinė SARS-CoV-2 padermių stebėjimo (NS3) programapagerinti vietinio SARS-CoV-2 reprezentatyvumąsekos.Programa bendradarbiauja su 64 JAV visuomenesveikatos laboratorijos genomo stebėjimo sistemai palaikyti;NS3 taip pat kuria SARS-CoV-2 egzempliorių kolekciją asekų, skirtų visuomenės sveikatos reagavimui ir moksliniams tyrimams paremtityrimai, skirti įvertinti susijusių mutacijų poveikįesamas rekomenduojamas medicinines atsakomąsias priemones.CDC turitaip pat susitarė su keliomis didelėmis komercinėmis klinikinėmis laboratorijomisbando greitai sekti dešimtis tūkstančių SARS-CoV-2teigiamų egzempliorių kiekvieną mėnesį ir finansavo septynis akademiniusinstitucijas bendradarbiaujant vykdyti genominę priežiūrąsu visuomenės sveikatos agentūromis, taip iš esmės papildantsavalaikių genomo stebėjimo duomenų prieinamumas iš visos šaliesJungtinės Valstijos.Be šių nacionalinių iniciatyvų,daugelis valstybinių ir vietinių visuomenės sveikatos agentūrų nustato seką

1 PAVEIKSLAS. Dabartinių SARS-CoV-2 variantų ir B.1.1.7 varianto modeliuojamos atvejo trajektorijos*,darant prielaidą, kad bendruomenėje nėra skiepijamair pradinis Rt = 1,1 (A) arba pradinis Rt = 0,9 (B) dabartiniams variantamsJAV, sausio mėn2021 m. balandžio mėn

 

figūra 1
2 paveikslas
santrumpos
figūra 1

SARS-CoV-2, kad geriau suprastumėte vietinę epidemiologiją irremti visuomenės sveikatos reagavimą į pandemiją.Šios ataskaitos išvadoms taikomos mažiausiai trys ribostacijos.Pirma, transmissibilumo padidėjimo mastasJungtinėse Valstijose, palyginti su tuo, kas buvo stebima Jungtinėse ValstijoseJungtinė Karalystė lieka neaiški.Antra, paplitimasB.1.1.7 Jungtinėse Valstijose šiuo metu taip pat nežinoma, betpagerės variantų nustatymas ir paplitimo įvertinimassu sustiprintomis JAV stebėjimo pastangomis.Galiausiai vietinė mitigapriemonės taip pat labai skiriasi, todėl jos skiriasiR t .Čia pateikti konkretūs rezultatai yra pagrįsti modeliavimuir manoma, kad po sausio 1 d. švelninimo priemonės nepasikeis.Padidėjęs B.1.1.7 varianto karo pernešamumasragina griežtai įgyvendinti visuomenės sveikatos strategijassumažinti perdavimą ir galimą B.1.1.7 poveikį,perkant kritinį laiką, kad padidėtų skiepijimo apimtis.CDCmodeliavimo duomenys rodo, kad visuotinis naudojimas ir padidintas kompliLabai svarbu laikytis švelninimo priemonių ir skiepytižymiai sumažinti naujų atvejų ir mirčių skaičiųateinančiais mėnesiais.Be to, strateginis asmenų testavimas beCOVID-19 simptomų, bet kuriems yra didesnė rizika susirgtiužsikrėtimas SARS-CoV-2, suteikia dar vieną galimybęapriboti nuolatinį plitimą.Bendrai sustiprintas genomo stebėjimaslance kartu su didesniu atitikimu visuomenės sveikataišvelninimo strategijos, įskaitant vakcinaciją, fizinį atstumąkaukių naudojimas, rankų higiena, izoliacija ir karantinas,bus labai svarbus siekiant apriboti SARS-CoV-2 plitimą irvisuomenės sveikatos apsauga.

Padėkos

Visuomenės sveikatos ekstremalios situacijos sekos nariaiReagavimo, epidemiologijos ir priežiūros konsorciumas;valstybinis ir vietinisvisuomenės sveikatos laboratorijos;Visuomenės sveikatos laboratorijų asociacija;CDC reagavimo į COVID-19 komanda;Kvėpavimo takų virusų skyrius,Virusinių ligų skyrius, CDC. Medicinos žurnalų redaktorių komiteto forma, skirta atskleisti potencialąinteresų konfliktai.Jokių galimų interesų konfliktų nebuvo atskleista.

Nuorodos

1. Visuomenės sveikata Anglijoje.Naujo SARS-CoV-2 varianto tyrimas: susirūpinimą keliantis variantas 202012/01, techninis instruktažas 3. Londonas, Jungtinė Karalystė: Public Health England;2020 m. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP ir kt.Pasikartojantis SARS-CoV-2 smaigalio ištrynimo ΔH69/V70 atsiradimas ir perdavimas.bioRxiv [Išankstinis spausdinimas paskelbtas internete 2021 m. sausio 14 d.].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M ir kt.SARS-CoV-2 linijos B.1.1.7 perdavimas Anglijoje: epidemiologinių ir genetinių duomenų susiejimo įžvalgos.medRxiv [Išankstinis spausdinimas paskelbtas internete 2021 m. sausio 4 d.].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA ir kt.;CDC reagavimo į COVID-19 komanda.Visuomenės sveikatos strategijų, skirtų aukštam SARS-CoV-2 plitimo bendruomenei ir susijusių mirčių lygiui spręsti, gairių santrauka, 2020 m. gruodžio mėn.
5. Volzas E, Hill V, McCrone JT ir kt.;COG-UK konsorciumas.SARS-CoV-2 smaigalio mutacijos D614G poveikio užkrečiamumui ir patogeniškumui įvertinimas.Cell 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S ir kt.;Šefildo COVID-19 genomikos grupė.SARS-CoV-2 smailės pokyčių stebėjimas: įrodymai, kad D614G padidina COVID-19 viruso užkrečiamumą.Ląstelė
2020; 182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S ir kt.Natūralios SARS-CoV-2 glikoproteino smaigalio delecijos skatina antikūnų pabėgimą.bioRxiv [Išankstinis spausdinimas paskelbtas internete 2020 m. lapkričio 19 d.].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S genų iškritimo modeliai SARS-CoV-2 testuose rodo H69del/V70del mutacijos plitimą JAV.medRxiv [Išankstinis spausdinimas paskelbtas internete 2020 m. gruodžio 30 d.].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F ir kt.Pabėgti nuo SARS-CoV-2 smailių baltymų variantų neutralizuojančių antikūnų.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD ir kt.Išsamus SARS-CoV-2 receptorius surišančio domeno mutacijų, turinčių įtakos polikloninių žmogaus serumo antikūnų atpažinimui, žemėlapis.bioRxiv [Išankstinis spausdinimas paskelbtas internete 2021 m. sausio 4 d.].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Paskelbimo laikas: 2021-02-11